Landesweit besteht das Übertragungsrisiko von Borreliose durch Zecken v.a. in Gräsern, Sträuchern und im Unterholz. Hauptübertragungszeit ist April bis Oktober. Schutz bieten hautbedeckende Kleidung und insektenabweisende Mittel.

Auch die Frühsommer- Meningoenzephalitis (FSME) wird von April bis Oktober durch Zecken übertragen. Sie kommen insbesondere im Osten zwischen Save und Drau vor.

Hepatitis A und Hepatitis B kommen vor. Eine Hepatitis A-Schutzimpfung wird generell empfohlen. Die Impfung gegen Hepatitis B sollte bei längerem Aufenthalt und engem Kontakt zur einheimischen Bevölkerung sowie allgemein bei Kindern und Jugendlichen erfolgen.

Tollwut kommt vor. Hauptüberträger sind Hunde, Katzen, Waldtiere und Fledermäuse. Für Rucksackreisende, Kinder, berufliche Risikogruppen und bei längeren Aufenthalten wird eine Impfung empfohlen. Bei Bisswunden so schnell wie möglich ärztliche Hilfe in Anspruch nehmen.

Die Vogelgrippe hat Slowenien erreicht. Mitte Februar 2006 fielen Tests auf das H5N1-Virus bei einem Schwan positiv aus. Reisende sollen sich daher von Geflügel fernhalten und jeglichen Kontakt mit lebenden und toten Tieren meiden. Auf den Verzehr von rohen Geflügelgerichte und Eiern sollte verzichtet werden. Gut durchgekocht können Geflügelspeisen und Eier jedoch bedenkenlos genossen werden. Generell wird als Vorsichtsmaßnahme eine gründliche Reinigung der Hände mit Wasser und Seife oder auch alkoholischen Händedesinfektionslösungen empfohlen.